...la vibrazione al pedale potrebbe essere dovuta alla deformazione (che qualcuno chiama ovalizzazione) dei dischi freno, problema annoso della M6 soprattutto nella versione 136 cv che io ho avuto fino al 2006, prova a frenare dolcemente a bassa velocità (ad es. in città quando ti avvicini ad un semaforo rosso), se frena un pò a scatti è sicuramente quello...
...se la gracchiatura a cui ti riferisci, è simile alla risonanza di una lamiera è probabilmente la valvola EGR, anche quello problema conosciuto sulla 136 cv, ci dovrebbero essere thread sull'argomento risalenti al 2005 o giù di lì...
http://mazda6club.altervista.org/forum/viewtopic.php?f=22&t=1765&p=9610&hilit=valvola+egr#p9610.